Jodie Foster è una delle attrici più riservate di Hollywood e negli Stati Uniti compaiono spesso notizie vaghe sul suo conto. Sostenitrice del Partito Democratico statunitense, si considera atea, ma ha dichiarato che nutre “grande rispetto per tutte le religioni” : lei e i suoi due figli celebrano sia il Natale sia il Chanukkah. Ha due figli: Charles Foster, nato il 20 luglio 1998 e Kit Foster, nato il 29 settembre 2001.
Parla un ottimo francese, che usa nel doppiare sé stessa nella maggior parte delle versioni francesi dei suoi film, e l’italiano, lingue che ha studiato durante i suoi studi universitari. Ha perfezionato il suo italiano nel periodo in cui recitò nel film di Sergio Citti, Casotto(1977). Le è stato dedicato un asteroide, 17744 Jodiefoster, scoperto nel 1998. Non è membro dell’associazione Mensa al contrario di quanto sostenuto da diverse supposizioni, anche se nel film Contact interpreta la dottoressa Ellie Arroway, che invece lo è.
Il 13 gennaio 2013, dopo aver ricevuto un Golden Globe alla carriera, dà conferma della propria omosessualità, dichiarando: “Ho già fatto coming out 1.000 anni fa, nell’età della pietra, in quei giorni molto pittoreschi, in cui una fragile ragazza si aprì agli amici fidati, alla famiglia e ai colleghi di lavoro, e poi a poco a poco e con orgoglio a tutti coloro che la conoscevano, a tutti quelli effettivamente incontrati”. Ha quindi ringraziato l’ex compagna Cydney Bernard, definendola “la mia eroica co-genitrice, la mia ex-partner in amore, ma la giusta anima gemella nella vita”.
Ai tempi del college è stata legata per un anno al drammaturgo Tina Landau e dal 1993 al 2007 ha avuto infatti una relazione con la produttrice cinematografica Cydney Bernard; le due si erano conosciute sul set del film Sommersby. Dal 2013 ha una relazione con l’attrice e fotografa Alexandra Hedison, che ha sposato nell’aprile del 2014.